世界征服を目論む組織『デスブランド』。 そしてその目論見を阻止しようとする正義の組織『ジャスティア』。 二つの組織は『一般人を戦闘に巻き込まない』『殺人は犯さない』等の 戦闘における決まり事をまとめた『戦闘協定』を結び、日々戦いを繰り返していた。 だがある日、戦闘とは無縁の学生『辻谷孝志』と『南倉久美』は 『デスヒート』と呼ばれるデスブランドの支部の一つに、連れ去られてしまう。 デスヒートは劣勢な現状を打破するため、一般市民に改造手術を施して戦力にするという 戦闘協定を無視した卑劣な作戦を実行に移したのだった。 幸いにもジャスティアの魔法少女『エイレーネ』によって救出された二人だったが、時既に遅く、孝志は怪人に、久美は魔法少女に、改造を施されていた。 人間に戻して欲しいと頼む二人だったが、元に戻るにはデスブランドに訴えて非を認めさせ、元に戻す手術をしてもらうしかないと説明される。 更にはエイレーネがクラスメイトの『秋月綾音』である事、そして彼女もまたデスランドに連れ去られ改造を受けたと、本人から説明される。 「アイツ等は……絶対に許さない！」 デスブランドが非を認めるまでには、約二週間。 だがデスヒートも必死に妨害し、更には二人に洗脳手術を施そうとしてくる。 二人は自分の身を守るため、そしてこれ以上悲劇を繰り返さないため、戦う事を決意する。 果たして彼等は、無事人間に戻れるのか……