世界征服を目論む、悪の組織【デスブランド】。
その一員である『立川将志』は、下っ端の非戦闘員として事務仕事をこなしていた。

だがある日、女幹部『ラグリア』によって突然怪人にされてしまう。
その理由は『経費削減(予算がない) & 怪人になる素質がある』というものだった。

嫌がる将志だったが、拒否すれば『仕事クビ&人間に戻さない』と脅され
強制的に働かされ、魔法少女達と戦う事になる。
(ここまで『突然怪人になった俺が魔法少女を堕とす話』のあらすじ)

……それから数ヶ月後。
将志は、すっかり怪人兼事務員として定着しており
普段は事務仕事を、そして何かあれば(補充)怪人として働いていた。

そんなある日、ラグリアと共に支部長に呼び出され
「ある地方都市の支部を立て直せ」と新たな任務(と異動)を言い渡される。

……だが。
着任した二人は、驚きのあまり言葉を失う。
その支部は、多くの問題を抱え、まるで機能していなかった。
設備は整っていない、戦闘員の練度が低い、怪人がいない……

そんなあまりに酷い状態に「勝手に自滅する」と
敵対する『自称』正義の組織【ジャスティア】から言われて放置されるほど。

当初は絶望する将志とラグリアであったが、
どうにか立て直そうと、萎える心に鞭打ち、前向きに頑張り始めるのだった。

……ところが。
その動きを察知したジャスティアは
何を勘違いしたのか、いきなり魔法少女を送り込んでくる。

更にデスブランドの上層部は、
ラグリアを評価するため、監査役として女幹部を派遣してくる。

将志は、只でさえ最悪な状態を立て直さないといけないのに
魔法少女と戦い、組織内でも派閥に巻き込まれて戦わなければならない。

交錯するそれぞれの思い。やがて問われる各々の価値観。
果たして正義とは？ 悪とは？

……そして。
「俺がここに派遣された理由って
　結局予算の都合で、怪人と事務員を兼任できる奴が必要なだけですよね？
　……いやそれはもう諦めますから、とにかく普通に仕事させて下さい」
将志は、無事平穏を取り戻せるのか？